La primera casa de estudios de Panamá fue fundada en la administración del presidente Harmodio Arias Madrid, bajo el Decreto Presidencial del 29 de mayo de 1935. Su inauguración se efectuó el 7 de octubre de 1935 y al día siguiente inició clases con una matrícula inicial de 175 estudiantes en las carreras de Comercio, Pre Ingeniería, Derecho, Ciencias Naturales, Educación y Farmacia.
Después de muchos años de funcionar en el edificio del Instituto Nacional brindando clases nocturnas, la Universidad de Panamá construye su propia sede en el área de El Cangrejo, a la altura de la vía Simón Bolívar con la intersección de la vía Manuel Espinoza Batista y José De Fábrega. El gobierno del presidente Enrique A. Jiménez adquirió nada menos que 60 hectáreas para la construcción de la nueva sede.
Esta importante casa de estudios superior ha graduado a distinguidos profesionales. Así mismo, grandes dirigentes estudiantiles y políticos han pasado por ella. La Universidad de Panamá ha contribuido con la nacionalidad panameña organizando debates de gran renombre, foros, movilizaciones y propuestas, al igual que ha intervenido en temas respecto a la soberanía del país, problemas sociales, económicos, ecológicos, etc.
La universidad cuenta con autonomía universitaria, lo que quiere decir que dicha institución es independiente de factores externos a esta, tanto política como administrativamente.
Lastimosamente, la autonomía de la Universidad de Panamá se ha visto violentada a lo largo de su historia en diversas ocasiones: durante el golpe de estado militar del 11 de octubre de 1968, la casa de estudios llegó a ser clausurada por varios meses y el 9 de diciembre de 1998 cuando fue asaltada por la Policía Nacional a raíz de las fuertes protestas contra la posible privatización de la empresa estatal IDAAN (Instituto de Acueductos y Alcantarillados Nacionales).
